在原本卖萌的基础上又添加了很多新元素，同时也提升了养成菇菇的难度。游戏首次添加了病毒这一改编，当蘑菇们染上病毒的时候，颜色就会发生变化，玩家在收取蘑菇的时候则需要注意对感染病毒的蘑菇的排查。在《菇菇栽培研究室》中，还有着图鉴玩法，感染了病毒的蘑菇会产生异变，变化成为各种不同的外形，玩家可以在众多滑子菇中排查出来加以收藏。