超级玛丽收到碧姬公主寄来一封写着“请帮助我寻找宝物”的信而来到了“恶棍镇”。但在当地却找不到碧姬公主的踪影。为了获得碧姬公主下落的线索，超级玛丽探访镇上长期研究宝物的富朗克栗教授，从他口中得知“千年之门”能通往宝物所在处，但必须先收集 7 个“星之石”才能将门开启。调查宝物就能见到碧姬公主——如此判断的超级玛丽与在镇上认识的克栗斯汀一起，在纸片世界中展开了寻找星之石的冒险。